Genome Sequencing

  • De Novo sequencing
    • 針對無參考序列的物種進行定序及組裝,可藉由組 裝完成的資訊, 進行基因預測、分子途徑預測等分析。
  • Targeted sequencing
    • Targeted Sequencing可針對已知有興趣的區域序列進行定序,因為標的範圍已經縮小,很適合用在特定基因或區域序列分析(如SNPs或InDel),相對於 全基因體定序,標的區域定序較為經濟實惠。
  • Reduced-representation sequencing
    • Reduced-representation sequencing係指針對具有物種之基因體定序時,以限制酶等技術,簡化基因體之定序目標,提高片段定序深度,在一次定序當中同時分析大量樣本之序列 資訊,藉此找尋分析族群之變異位點(如SNPs或InDel)並進行後續族群遺傳相關分析(主成分分析、數量性狀定位等…)。屬於Reduced- representation sequencing技術範圍之方法包含RRL、MSG、GBS、RADSeq、ddRAD…等。一次NGS定序可同時達成找尋基因體變異位點和族群基因 型判定是此技術之最大優勢。
  • Double digest RADseq (ddRAD)
    • ddRAD 為使用基因組切位較少之 Rare Cutter 限制酶搭配切位較多之 Common Cutter 限制酶,兩組限制酶切配合片段篩選(Size Selection)進行基因體的簡化,由於此技術控制定序片段區域之方式較RAD與GBS更加穩定,並且可使用 In silico Analysis 針對具有參考序列之物種進行模擬定序片段位置與讀序深度等資訊探討合適之限制酶組合,富有彈性選擇的優勢是Reduced-representation sequencing 技術中較建議使用之方法。

RNA Sequencing

  • Transcriptome Sequencing。
    • 轉錄體(transcriptome)序列分析是針 對樣本中所有mRNA做高通量定序分析,mRNA定序的結果除了可以顯示基因的轉錄表現量外,也可用於分析SNP、InDel、alternative splicing。

Metagenomics

  • 16S rRNA Amplicon sequencing
    • Ribosomal DNA具有保留程度相對較高的序列,而在16S Ribosomal DNA序列中有九個高變區域,針對其中的V3-V4區域進行定序分析,之後可將序列用於分類與鑑定微生物之種類與群落,是研究環境微生物多樣性及群落組成 差異的重要方法。