SNP/ Seuquence variant analysis

DNA extract
Assay design and optimization
Capillary Electrophoresis
Data analysis

Sequence variant detection

  • 主要利用定序的原理:
    • 尋找突變基因
    • 預測基因體中多型性差異
  • 應用:
    • 預測不同個體對疾病感受性的差異
    • 評估個人化治療的方向
DNA extract
Assay design and optimization
PCR amplification
sequencing --> confirm variant

SBE SNP detection

  • SBE SNP為Single base extension Single-nucleotide polymorphism
  • 基因型別的鑑定,SNP genotypes的方法之一
  • 適用於已知的SNP位置上,偵測並區分單一核苷酸的差異。
  • 可得知確切的單一核苷酸訊息,並非只得到其基因型為 heterozygous或homozygous的資訊。
  • SNaPshot® Multiplex System
DNA extract
Assay design and optimization
SNaPshot Multiplex Kit reaction
genescan analysis

TaqMan SNP Genotyping assay

SNP 偵測的方式有數種,包括直接定序、片段分析以及TaqMan Assay。利用TaqMan assay 來進行偵測,適用於大量待測樣品針對已知之SNP位點進行偵測,目前已有超過450 萬個人類與小鼠預先設計好的assay可供採用。我們可以在一次反應中進行384 個樣品的偵測,準備好您的樣品,告訴我們您想要研究的位點,我們提供您分析結果,如有需求還可以進行進一步的定序確認。

  • 利用TaqMan® 5’-nuclease assay chemistry 的原理
  • 提供快速且簡單的方法得到SNP genotyping 的結果
DNA extract
TaqMan SNP Genotyping Assay
sample detect
Data analysis
Data analysis

Sequence variant detection

  • 主要利用定序的原理:
    • 尋找突變基因
    • 預測基因體中多型性差異
  • 應用:
    • 預測不同個體對疾病感受性的差異
    • 評估個人化治療的方向
DNA extract
Assay design and optimization
PCR amplification
sequencing --> confirm variant

DNA Sequencing Service

  • 核酸序列分析
  • 本公司使用最先進之定序系統ABI 3730
  • 定序結果HiQV 值可達1000bps 以上
  • 公司免費提供多種定序常用引子:
    • M13 Forward & Reverse、T3、T7、T7-terminator、SP6、pGEX3’/5’、α-factor、polyhedrin、S-Tag、BGH- Reverse、RVprimer 3、GLprimer 2 等。
  • 專業優化團隊並提供一貫化服務並提供您定序之專業問題諮詢。

colony/culture 之plasmid DNA 序列分析

sample preparation
sequencing reaction
read sequence
Data analysis

Walking 定序

  • 較長的核酸序列定序
    • 整個plasmid 或插入plasmid 大片段定序
  • 從一段已知序列做為primer 開始定序,得到新的已知序列即可設計新的primer,重複此方法直到未知序列定序完成。

SSR/STR analysis

  • 用於建立物種/品種資料庫
  • 用於建立特定物種篩選平台
  • 品種鑑別;分子育種
DNA extract
PCR amplification and verification
Capillary Electrophoresis
Data analysis

SSR/STR marker development

DNA extract
NGS
Assay design and optimization
sequencing
confirm SSR/STR sequencing
Capillary Electrophoresis
Data analysis

Specific gene expression assay design and optimization

genetic database collect and identify
primers and probes design
qPCR Assay Optimization
Dverify efficiency and specificity

Taqman® gene expression assay

  • 如果您所研究的生物為Human、Mouse、Rat,大部 分的基因都已經有assay 可以直接購買使用。
  • 針對特定的基因可以迅速的得到偵測的結果
  • 告訴我們您想研究的基因,並提供待測樣品,我們可以協助您挑 選適合的assay,並完成實驗,提供您基因表現量的分析結果。
RNA extract & cDNA synthesis
Taqman® gene expression assay
Sample detect
Data analysis

Taqman pathway array & SA bioscience array

提供我們您想研究的pathway,並提供待測樣品,我們可以協助您挑選適合的array,並完成實驗,提供您基因表現量的分析結果。

  • 細胞內的基因表現由幾百種訊號傳遞路徑(singnling pathways)精確地協調合作調控,這些訊號傳遞路徑(singnling pathways)是經由轉錄因子、染色質的蛋白質、以及影響表觀遺傳(epigenomics)因子精確地調控。
  • 應用:
    • 研究分子層次的細胞的生化反應過程
    • 了解基因特定的生化反應過程、調控路徑、疾病狀 態相關資訊
    • 選擇有興趣的路徑進行研究
  • 我們提供的平台包括:
    • 96Well TaqMan® Gene Expression Assays
    • TaqMan® Gene Expression Assays:384well TaqMan® Gene Expression Assays,384-Well Microfluidic Card TaqMan® Gene Expression Assays
    • RT² Profiler PCR Array:96Well RT² Profiler PCR Array,384well RT² Profiler PCR Array

常見的偵測標的如下表:(持續增加中)

類別 項目
Pathway Apoptosis、Biomarkers、Cell Cycle、Cytokine & Inflammation 、ECM & Adhesion、Neuroscience、Signal Transduction、Stem Cell & Development Toxicology & Drug ADME
Disease Cancer、Cardiovascular Diseases、CNS Disorders、Immune Disorders、Infectious Diseases、Metabolic Diseases
Epigenetics 抑Apoptosis、cancer drug targets、cell cycle、cell lineage identification、common cytokines、DNA damage signaling pathway、DNA repair Homeobox(HOX) Genes
RNA extract& cDNA synthesis
SA bioscience array/TaqMan pathway array
sample detect
Data analysis

Methylation detection

  • 影響基因表現使遺傳型態不同,但不改變DNA序列。
  • 利用EpiTect Methyl II PCR Array進行偵測,實驗過程與Taqman pathway array及SA bioscience array一致,可委託我們進行實驗亦可訂購Array。
  • 應用:
    • 疾病感受性檢測
    • 癌症相關研究

Cloning

  • TA cloning and DNA Fragment cloning
    • 選殖是針對特定DNA位置或基因分析,在分子生物研 究上,是一個很重要的工具,用運選殖 技術可將有興趣的標的基因,接入載體後,即可對特定DNA位置或基因做進一步研究,而選殖可因為起始樣本不同,可分成TA cloning與DNA Fragment cloning兩種選殖方法,分別針對PCR產與DNA片段來進行。